Serial Experiments Lain descreve a "Wired" como a soma das redes de comunicação humana, criada a partir dos serviços de telégrafo e telefone, e expandida com a internet e suas redes subsequentes. O anime assume que a Wired pode ser ligada a um sistema que permite a comunicação inconsciente entre pessoas e máquinas sem necessitar de uma interface física. A história nos introduz esse sistema com a Ressonância Schumann, uma propriedade do campo magnético da terra que teoricamente supera todas as barreiras de comunicações a longa distância. Se tal ligação fosse criada, a rede se tornaria equivalente à realidade num consenso geral das percepções e conhecimento. A tênue linha entre o real e o virtual começaria a sumir.
Eiri Masami é apresentado como sendo o diretor do projeto "Protocolo 7" (a próxima geração do protocolo de internet daquele tempo) da grande companhia de computação Tachibana Labs. Ele incluiu secretamente um código para se dar o controle da Wiredatravés do sistema descrito acima. Ele então faz o upload de sua própria consciência na Wired e então morrendo na vida real alguns dias depois. Esses detalhes são revelados pela metade da série, mas esse é o ponto em que a história de Serial Experiments Lain começa. Masami mais tarde explica que Lain é o artefato pelo qual a barreira entre o mundo real e virtual irá cair, e que ele precisa que ela "abandone o corpo", como ele fez, para alcançar seu objetivo. Ao desenvolver da série, o vemos tentando convencê-la através de intervenções, usando promessas de amor incondicional, destino e, quando todas as tentativas falham, ameaças e força bruta.
Neste meio-tempo, o anime segue um complexo jogo de "esconde-esconde" entre os "Knights", hackers que Masami diz serem "crentes que permitem que ele seja um deus na Wired", e a Tachibana Labs, que tenta reaver o controle do Protocolo 7.
Peguei o texto da Wikipédia porque achei que tá bem claro, por ser um enredo meio complexo...tirei apenas o o ultimo parágrafo por que considerei um spoilerzão INTRO
Possui apenas 13 episódios de 20 minutos cada, nesse link todos estão online e legendado:
http://www.superanimes.com/serial-experiments-lain