A temperatura ideal de desenvolvimento do Micélio do P. cubensis é de 30°C, sendo 41°C a temperatura letal (TMC). Porém, uma vez que os frascos alcancem altas temperaturas, o Micélio diminuirá o crescimento e parará por duas razões principais. À medida que se aproxima da temperatura letal ele vai crescendo menos efetivamente. Além do que altas temperaturas quase sempre provocam ressecamento do Substrato. Quando o Substrato de torna seco, o Micélio pára de crescer (já que necessita de água para se propagar). Portanto,Substrato seco se torna impenetrável para o Micélio. A melhor alternativa é manter próximo a 27°C (morno, mas não quente) o máximo possível, e variar somente quando necessário. A temperatura do interior dos frascos está sempre poucos graus acima da temperatura do ar, já que o Micélio gera calor enquanto coloniza o Substrato.

Em temperaturas inferiores à ideal a Colonização se torna mais lenta, embora possa ir com sucesso até o final.