A clonagem de um Cogumelo é feita a partir da seleção de um Cogumelo, seccionando o Cogumelo em condições estéreis e transferindo um pequeno pedaço do interior da Estipe do Cogumelo para um meio nutritivo, normalmente em meios de Agar ou papelão.

A clonagem é feita a partir da seleção de um Cogumelo porque selecionando um Cogumelo, o Micélio e os Frutos que vão nascer do processo de clonagem serão geneticamente idênticos ao Cogumelo selecionado. Isso se chama seleção de genótipo único.

Abaixo, exemplo de clonagem de uma seção transversal da Haste de um Cogumelo em Placa de Petri. O tecido original pode ser visto no centro na placa, e o Micélio cresceu a partir dele.

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