É o Micélio formado com a fusão de dois núcleos haploides em cada célula, sendo o verdadeiro estágio Diploide dos cogumelos.

O Micélio terciário é encontrado nos Frutos, ou seja nos cogumelos. Ou nos estágios formadores dos cogumelos, como nos nós hifais e primórdias.

É bom notar que nos cogumelos psilocibínicos a síntese de quantidades apreciáveis de princípios ativos (Psilocibina e Psilocina) só ocorre no Micélio terciário.